Aby ułatwić, a w niektórych przypadkach umożliwić identyfikację koni, to jest stwierdzić tożsamość, przynależność rasową, właściciela itp. stosuje się znakowanie. Dla celów doraźnych wystarczy zakrzywionymi nożyczkami wystrzyc lub specjalną kredką wyrysować na sierści kolejny numer. Tak postępuje się przy zakupie większych grup koni, np. przeznaczonych na rzeź. Znakowanie trwałe polega na wypalaniu w określonych miejscach ciała umownych znaków zwanych piętnami Ma to szczególne znaczenie w odniesieniu do zwierząt hodowlanych, ale niektóre gospodarstwa piętnowały też swoje konie robocze. Umiejętnie wypalone gorącym żelazem piętno jest odznaką stałą, pozostającą na ciele konia do jego śmierci. W dokumentach hodowlanych umieszczany jest rysunek piętna, jak też określona jest partia ciała, na której zostało ono wypalone. Ostatnio z dużą skutecznością wprowadza się piętnowanie przy użyciu numeratorów i symboli, zanurzanych uprzednio w ciekłym azocie. Piętnowanie tą metodą daje trwałe, łatwo czytelne efekty, jest mniej bolesne i nie uszkadza skóry.
Dodatkowe piętno koni wpisanych do Wojewódzkiej Księgi Koni Zarodowych oraz wpisanych lub mających warunki wpisu do Głównej Księgi Stadnej wypala się nad piętnem głównym. Prócz przewidzianych przepisami piętn, każda stadnina państwowa oznaczona jest osobnym numerem, który to wypala się urodzonemu w niej źrebięciu na prawej stronie grzbietu. Natomiast na lewej stronie grzbietu wypala się numer porządkowy przychówka. Klaczom i ogierom dorosłym, kiedy zostają wcielone do stadniny czy też stada, wypala się dodatkowo numer ewidencyjny na lewej stronie szyi. U koni szczególnie wyrównanych w typie i jednakowo, jasno umaszczonych, np. u fiordingów hodowlanych w Stadninie w Nowielicach, nawet pracownicy codziennie obcujący ze źrebakami mają trudności z ich rozpoznaniem i identyfikacją. Piętna bowiem w okresie, kiedy konie porośnięte są sierścią zimową, bardzo trudno jest odczytać. Dlatego też w takich szczególnych przypadkach można numery porządkowe dodatkowo tatuować w miejscach nie porośniętych sierścią. Robi się to przeważnie po wewnętrznej stronie dolnej wargi, ale tatuaż na wilgotnej skórze jest trudno wykonać i szybko zanika. Bardzo dobrym miejscem wydaje się wewnętrzna, nieowłosiona strona rzepu ogonowego.
Wyniki w pracy hodowlanej można uzyskać za pomocą różnych metod, zależnych w dużej mierze od struktury gospodarstw, w których pracę się prowadzi. Inny bowiem charakter ma działalność hodowlana w państwowych stadninach koni. inny w gospodarstwach zajmujących się hodowlą koni ubocznie, a jeszcze inny w przypadku tzw. hodowli masowej. Przy ustalaniu celu hodowlanego należy przede wszystkim uwzględnić jego realność, to jest mieć na uwadze cechy dziedziczne koni, warunki środowiska oraz potrzeby gospodarcze. Wprawdzie wyznaczony cel hodowlany nie jest niezmienny, zwłaszcza w perspektywie kilkudziesięciu lat, jednakże wszelkie jego zmiany są kłopotliwe i wywołują w hodowli znaczne straty. Dlatego zmiany kierunku hodowlanego nie powinny następować zbyt często. Wskazane jest natomiast śledzenie przez hodowców tendencji gospodarczych zarówno w świecie, jak i w kraju. Umożliwia to w pewnym stopniu przewidywanie przyszłych potrzeb i wymagań odnośnie pogłowia koni, a tym samym uzasadnia stopniowe zmiany celu hodowlanego.
Na wszystkich etapach pracy hodowlanej ogromne znaczenie mają wybór i dobór osobników do rozpłodu jako podstawowe metody doskonalenia i tworzenia ras. Szczególną uwagę należy zwrócić na wybór odpowiednich ogierów, które dają więcej potomstwa niż klacze, a tym samym wywierają silniejszy wpływ na całość pogłowia. More-OFerrall i Cunningham sugerują pozostawienie do dalszej hodowli w rasie pełnej krwi angielskiej zaledwie 2 ogierów (2%) i 44 klacze (44%) na 100 urodzonych w każdej płci. Podstawą wyboru (selekcji) jest zmienność cech w populacji uwarunkowana genetycznie, występująca nawet u najbardziej ustalonych ras. Zadaniem wyboru jest wydzielanie z pewnego pogłowia najlepszych osobników w celu użycia ich do rozpłodu, przy jednoczesnym wyeliminowaniu z dalszej hodowli sztuk gorszych. W hodowli odróżnia się selekcję masową od selekcji indywidualnej. Pierwszą przeprowadza się, gdy chodzi jedynie o wybór zwierząt zdatnych lub niezdatnych do dalszego celu użytkowego lub rozpłodowego. Natomiast selekcja indywidualna polega na wyszukaniu spośród grupy najcenniejszych osobników. Prowadzi się selekcję na podstawie: zdrowia i konstytucji, pokroju, pochodzenia, dzielności i wartości potomstwa.
Selekcja na zdrowie i konstytucję jest niezmiernie ważna, gdyż konie o osłabionej konstytucji są mniej wydajne w pracy, a jednocześnie czas ich użytkowania ulega znacznemu skróceniu. Bez przeprowadzenia selekcji na zdrowie nie powinno się przyjmować zapisów do ksiąg hodowlanych. Można stwierdzić, że im większy jest postąp hodowlany, im bardziej określona rasa koni żyje w ulepszonych, sztucznych warunkach środowiska, tym ściślejsza musi być selekcja materiału hodowlanego właśnie pod kątem ewentualnych czynników wskazujących na osłabienie konstytucji. Hodowca musi w pełni przyjąć taką rolę, jaką w chowie prymitywnych ras spełnia w tym względzie selekcja naturalna. Ocena pokroju jest najczęściej spotykanym sposobem określania wartości konia. Ponieważ jednak nie ma absolutnej korelacji pomiędzy cechami zewnętrznymi a użytkowymi, selekcja pokrojowa jest tylko pomocniczym środkiem, służącym wspólnie z innymi metodami wyboru do oceny wartości danego osobnika. Niemniej jednak ma ona swą wartość, zwłaszcza przy ocenie młodzieży, kiedy nie można jeszcze przeprowadzić wyboru na podstawie selekcji użytkowej. Prowadząc selekcję według pokroju, można posługiwać się pomiarami absolutnymi i wskaźnikami oraz oceną przez punktowanie i porównanie.
Selekcja na podstawie prób dzielności odgrywa szczególną rolę w hodowli koni, gdyż tylko koń, który wykaże swą wartość użytkową, nadaje się na reproduktora. Za pomocą prób dzielności można w hodowli stale kontrolować postępy w rozwoju pożądanych cech, sprawdzać słuszność obranych metod wychowu, jak również znajdować potwierdzenie poprzednich ocen za zdrowie i pokrój. Selekcja na podstawie rodowodu jest możliwa tylko wtedy, gdy znamy cechy przodków, i to nie tylko ich zalety i właściwości użytkowe, ale także, co jest bardzo ważne, ich wady. Znaczenie wyboru na podstawce pochodzenia jest ograniczone z powodu zależności dziedziczenia od wpływu środowiska. Ten rodzaj selekcji odgrywa nadal swa rolę w hodowli ras kulturalnych, jednak nadmierne zwracanie uwagi na rodowód może zmniejszyć intensywność selekcji indywidualnej, stosowanej za pomocą innych metod, co wpłynęłoby ujemnie na pracę hodowlaną. Selekcja na podstawie wartości potomstwa jest najistotniejszą metodą w pracy hodowlanej. Wymaga jednak — zwłaszcza w hodowli koni — dłuższego czasu, potrzebnego do wykazania przez potomstwo jego dodatnich wartości.